输尿管软镜可以经尿道进入输尿管以及肾盂、肾脏内，可以处理输尿管上段的结石以及肾盂和肾脏内的结石。最佳的手术指症是肾盂、肾脏内的中小结石直径在3cm以下。如果结石过大，通过软镜碎石时间较长，可能会给患者造成水中毒、脓毒血症、感染性休克，甚至死亡。通过软镜碎石后，大部分结石会成粉状，直接冲出体外，细小的、颗粒的结石也可以自行排出，但是自行排石时间往往较长，残石比较高，复发率也比经皮肾镜取石要高，需要再次做体外碎石或者其它方法处理残石。有时候引起输尿管梗阻及其它并发症，需要再次进行输尿管硬镜的处理。另外输尿管的软镜费用比较高昂，可能会两万到三万元。